同じ人とのやりとりなのに、問い合わせの記録と会員の記録で、メールが別々になっています。

別々にはなりません。届いたメールは、会員や問い合わせそのものではなく、メールアドレスに紐づきます。同じアドレスの会員と問い合わせがあれば、両方の詳細に同じメールが表示されます。返信するときは、どのフォームの相手として返すかを先に選びます。メールはアドレスのもので、会員も問い合わせも、アドレスを介して同じやりとりを見ています。