「PDFで載せた資料は、サイト内検索で出ないんだろう」と言われました。

出ます。全文検索の索引には、テキストとして取り出せたものが入り、PDF・Excel・PowerPointなどのファイルも本文を抜き出して同じ索引に入ります。対象にならないのは、画像の中の文字です。資料をPDFで載せても、本文は検索の対象になります。