ディレクトリごと、配下のページも含めてコピーできますか？

できます。ディレクトリのコピーで、コピー先のURLを指定して複製します。サブディレクトリを含めるか、ディレクトリ内のコンテンツを全て含めるかは、実行のたびに選べます。既存の階層を雛形にして、新しい拠点やブランドのページ群を起こすときに使います。実行はバッチとして記録されます。